第1集 旅程x与x同伴
12岁的小杰为了像父亲一样成为猎人，在达成与扶养他长大的米特阿姨的约定後，踏上猎人试验的旅途。在前往试验会场的船上，小杰遇见了同样是要成为猎人的雷欧力跟酷拉皮卡。他们两人互看彼此不顺眼，进而争执不休…
第2集 试验x试验
抵达试验会场所在地的小杰、雷欧力与酷拉皮卡等三人，照著船长的指示走向通往试验会场的捷径。当走到贫民窟时，有位老婆婆率领了一群人在路上等著他们。老婆婆向他们提问，若是答不出来就立刻淘汰。
第3集 对手x幸存者
三人在凶狸狐的带领之下，终于进入试验会场，而会场内也早已经聚集了钗h的考生。像是自称试验老手的东巴、散发诡谲氛围的西索、话讲个不停的忍者半藏，以及手持滑板的少年奇犽等。第一次试验即将展开。
第4集 希望x野心
第一次试验的内容就是跟著考官萨特次走到第二次试验会场。在单调又见不到终点的路线上，开始陆续出现脱退者。而跟著酷拉皮卡一起跑的雷欧力虽然也跑得越来越吃力，但基於他对猎人的执着，还是一直紧跟在后。在过了80公里后，眼前出现了阶梯，但萨特次的步伐却又加快了……
第5集 西索x悄悄接近
在通过漫长的地下隧道后，出现在考生面前的是浓雾弥漫的湿地地带。由于视线不佳，考生们一直遭到各式各样的怪物袭击。小杰与奇犽跑在前头，但在后方的酷拉皮卡跟雷欧力眼前，却看到西索被其他考生团团包围。
第6集 意外x的x课题
在与西索对峙之后，小杰等人顺利抵达第二次试验的会场。担任第二次试验考官的门淇与卜哈剌所开出的考题是要考生们做料理。于是考生们为了做出让美食猎人门淇感到满意的料理而努力。究竟，会不会出现令门淇满意的料理呢…
第7集 飞行船x的x决赛
小杰等人在顺利结束第二次试验后，搭上了前往第三次试验会场的飞行船。小杰与奇犽在飞行船内探险时巧遇尼特罗会长，并与其展开对决。而且明明只是从尼特罗手中抢到球的单纯小游戏，却演变成只要赢过尼特罗便能成为猎人。
第8集 少数x服从x多数
飞行船抵达的目的地是第三次试验会场陷阱塔的顶楼，只要能在72小时之内，活着抵达地面上就算合格。小杰、奇犽、酷拉皮卡与雷欧力等四人好不容易进入塔内，却陷入了必须凑满五个人才能继续前进的窘境。究竟第五个人会是谁…
第9集 小心x囚犯
小杰等人必须在四场比赛中赢得三场才行。而在第二场时，小杰面临到的比赛是只要让蜡烛的火先熄灭的人就输。却没想到，小杰拿的蜡烛上暗藏玄机。而下一场酷拉皮卡要和连续杀人犯──喳唬进行死斗。酷拉皮卡虽接受死斗，却意外发现喳唬背上有象征幻影旅团的蜘蛛刺青…
第10集 欺敌x的x契机
本以为在小杰与酷拉皮卡取胜，比数变成二胜一败时，敌人却主张喳唬只是昏过去而已，跟酷拉皮卡之间并没有分出胜负。相对於不愿意给予喳唬最後一击的酷拉皮卡，雷欧力却因为焦虑而显得越来越烦躁。五人之间开始弥漫着不平静的气氛，时间也逐渐一分一秒的过去…
蚂蚁篇故事概要
零、开篇——从寻找金开始
在完成GI游戏后，小刚、奇犽和比斯姬共可得到3张卡作战利品带回“现实世界”（其实GI里也属于现实世界）。比斯姬选了“蓝色星球”，小刚和奇犽经过商量最终选了“骑士项链”和伪装了的“一坪的海岸线”（此卡是“同行”卡用“伪装”卡变成的，当戴有“骑士项链”的人碰到此卡时，此卡会变回“同行”。因为“同行”不是指定卡套的卡，所以不能直接带回现实世界）。
小刚要“同行”卡的目的是要和奇犽一起去到金的身边（其实用“磁力”也可以去到金的身边，但只能一人前去）。因为小刚断定金在自己小时候到过GI，但由于金十年前已设定了“如果小刚用磁力，可去到他身边”，“如果小刚用同行，则去到他的徒弟——凯特的所在地”的游戏规则（怀疑金害羞，不想见小刚的朋友^_^），于是，小刚和奇犽到了身在卡其国（见上面的“猎人世界地图”）的凯特身边，新的伟大篇章随之展开。
一、序幕——奇美拉蚁居然出现在NGL
原来凯特这时候受卡其国,所托和其余6个同伴一起在进行搜索新品种和生态调查工作（爆库儿此时和他的同伴在NGL里做类似的工作）。这时候，有人在友克鉴市南方的海岸线发现不明生物的残肢，小刚和凯特一行人前往“沙撒比斯”进行调查。经过化验，众人肯定这是一种被制定为第一级隔离的指定生物品种——奇美拉蚁。经过进一步分析，结合凯特的经验，凯特推断蚂蚁登陆了在一个叫NGL（Neo GreenLife）的地方。那里标榜“摒弃机器文明，致力生活在大自然中”，实际上那里是罪恶的温床，毒品交易、军火买卖在此国秘密的进行。凯特、小刚和奇犽于是到达了NGL进行调查。
二、贪得无厌的魔兽——奇美拉蚁
原来，奇美拉蚁女王因不明原因，身受重伤地漂流到NGL，它为了产下王而苟延残喘，对它来说，即使是死，也要等到产下王后才能死。它登陆NGL后，便四出觅食，后来发现人类这种食物营养价值很高，于是人类便成为它的主要食物。
为了产下王，它必须觅食—>生产出兵蚁，组成军队—>兵蚁为女王觅食—>提高营养，为产下最优秀的王做准备。那些它产下的蚂蚁，根据能力高低，优秀的蚂蚁为兵队长，最优秀的为师团长，军队便以师团为单位四出觅食（师团长分为两类，见主楼），女王更产下“三大护卫”来保护即将产下的王。“三大护卫”实力强悍，单是猫女就令猎人会长自叹不如。一切准备妥当，女王安心待产。
三、形势急转直下——爆库儿和凯特相继遇害
当凯特一行三人到了NGL后不久，便发现蚂蚁。一开始战斗还挺顺利（因为凯特实力实在太强了，小刚和奇犽也不是省油的灯，加上蚂蚁大都不会“强制用念”）。
与此同时，爆库儿与蚂蚁接触，并被匝藏（蝎子女王）活捉。活捉后被猫女用“针灸术”开颅套出有关念的信息和修炼念的方法，猫女随后便召集所有兵队长和师团长，这修炼念的方法传授给他们。从此以后，所有的兵队长级以上的蚂蚁都会“强制用念”。
凯特和小刚他们深入虎穴，被猫女发现，由于猫女实在太强了，而且来个突击，凯特被砍掉一臂（后来奇犽认为，如果不是他们俩在，凯特不会陷入如此困境）。小刚想战斗，被奇犽及时制止，并在凯特的掩护下逃脱，可惜凯特最后也不敌猫女被“杀”（后来被猫女用独有的能力“救活”，并操纵他来训练蚂蚁）。
四、修练、牌符——为了去NGL救凯特
逃脱后的小刚和奇犽遇到了以会长为首的前来消灭蚂蚁的“蚂蚁讨伐部队”（部队由三人组成，分别是会长和两个被会长认为实力与现在的他不相上下的猎人——莫拉和诺瓦）。奇犽见到他们后肯定了他们的实力，认为他们“比西索可怕，比老哥伊耳迷强烈，但还比不上猫女”。会长要求奇犽做决定，若想去NGL便要打败莫拉的两个徒弟——那可鲁和修特，并取得对方的牌符。此时小刚和奇犽被分在同诺瓦的徒弟——芭姆那一组，拿到牌符的那一组才能前往NGL，期限是一个月。
他们先会合了芭姆。原来芭姆一直很爱他老师诺瓦，所以非常想去NGL见心上人，便要求小刚他们无论如何都要战胜对手。为求达到目的，她更利用她的能力（一种类似寻人的能力。耐人寻味的是，小刚认为她是强话系的。因为当她愤怒时，她的手拿着的杯中的水不停溢出。但她的能力让人感觉很神经质的那种，不知道的人还以为她是具现化系呢！）找来了比斯姬训练他们。
在这一个月里，边接受比斯姬的训练，边和那可鲁他们战斗。小刚他们屡败屡战，又屡战屡败，加上比斯姬高强度的修炼方法，虽然最后仍然输给对方，但实力大有长进，但小刚此时中了那可鲁的“天上不知唯我独损”。30天内不能用念。这就做就了后来小刚和22岁的芭姆约会，还有奇犽把伊耳迷插在他头上的针拔掉的情节。
其间，会长对蚂蚁进行了第一波的围剿。他利用莫拉的能力（莫拉可以用烟做出多只“念兔”）做掩护，只身深入虎穴。经过这次围剿（见主楼的图“奇美拉蚁（王出生前）”）师团长只剩下14个。
五、诞生——暴虐而强悍的王
此时王早产出世。王非常强悍，且生性凶残。不但把当场其中两个师团长杀了并吃掉，更不顾女王生死而外出“流浪”和觅食。自由型师团长仿效王的做法各自离开大本营，各霸一方。
鉴于王的暴虐，还有为了取的猎人的医疗援助（女王当时生命垂危）。以柯鲁特（鸟人师团长）为首的统率型师团长投降猎人，可惜女王多处脏器因生产王而严重受损，无法救治。值得一提的是，女王死前产下了一个婴儿，此婴儿由柯鲁特抚养。
此时，王来到东戈尔多共和国，并打算以此国首都为据点组建军队和觅食。
六、苏醒——奇犽不再懦弱
此时小刚和奇犽身在NGL旁边的罗卡利欧共和国的多利市。
由于30天内不能用念，保护小刚的使命落在奇犽身上。他既要应付因去不了NGL而抓狂的芭姆，又要防住蚂蚁的袭击。而芭姆她虽然去不了NGL，但她却发现小刚有可爱的地方。为了填补感情缺失，她要求小刚和他交往，小刚也欣然答应。于是他们便开始约会。
约会本来进行得顺利和浪漫，可是小刚去不懂情趣地在此时提出要去修炼，芭姆开始抓狂……与此同时，之前被小刚和奇犽打败过的伯劳鸟出现，奇犽开始时想退缩，但考虑到小刚的安全，他不得不单独应战。经过一番心理斗争，奇犽战胜了自己，更把伊耳迷插在他头上的针拔掉。从此，奇犽的实力和心理又上了一个层次。一击便取下伯劳鸟的头。
后来奇犽带小刚逃离芭姆，芭姆在追他们的过程中遇到她老师，于是她的心又重新回到诺瓦的怀抱，小刚和22岁芭姆的交往就此结束。
七、蜘蛛战蝎子——为了保护流星街
这部分的剧情没什么悬念，没有什么地方有写的价值，不明白的先看上面的图“蝎子女王VS旅团”。
八、十天为限——大战前的酝酿
王以东戈尔多共和国为据点，自然战线也转到这里。
此时，那可鲁从NGL救出凯特。但凯特已边得非人非鬼。他被猫女控制，用来做蚂蚁的训练机器。小刚因此而大怒，誓要为凯特报仇（大家此时发现他的气魄强了很多，大概是愤怒的缘故吧。不能用念也有这么吓人的气魄，真了不起）。
王想利用十天后的“东戈尔多共和国建国纪念日”召集所有国民前往首都。其实它想在这十天进行“挑选”（不明白的朋友看上图“东戈尔多共和国和“挑选””）。
于是，一行六人（小刚、奇犽、那可鲁、修特、诺瓦和莫拉）前往东戈尔多共和国。此时小刚已经可以用念了！而且会长制定了作战方案：三人为一组，分别把三大护卫从王的身边引开，他自己亲自对付王。作战于“东戈尔多共和国建国纪念日”零时进行！
近几话剧情
大家分头进行。大家都已潜入东戈尔多共和国。奇犽为了尽量减少牺牲数目（每天大约牺牲45万至49万人），也为了让小刚能顺利潜入首都，他毅然作出煽动的举动，把蚂蚁的注意力集中到他身上，让小刚暗地里潜入首都。
小刚先消灭了蛇、猫头鹰和蝙蝠，下来又遇到敌人（看来是变色龙师团长）。奇犽先消灭了被猫女操纵的人类和东戈尔多的军队。236话中更开始与狮子的陆军战斗。奇犽遇到狮子陆军中的狙击手(其实是章鱼伊卡鲁戈附在人类身上)。239话~240话奇犽又要应付欧罗索兄妹（妹利用徽章锁定目标，哥用飞镖攻击敌人），他们的能力叫“死亡游戏”。在游戏结束前，就连欧罗索兄妹也不能取下徽章，哥哥的镖打中靶子的时候敌人就会受到念鱼的攻击。经过奇犽的分析得知敌人的飞镖游戏是“501”（从501开始计数，要刚好投成0的游戏），而且是“双倍规则”（在开始游戏和决定游戏的最后一投必须是投中最外围的一圈）。而“双倍规则”的最大得点是40，所以奇犽的战术是从开始就是单纯的计算和忍耐（因为在最后一投前根本不可能知道飞镖 射到哪里），直到分数减到40分以下，那时候便是最后一投的时候。只要知道什么时候和射到哪里（奇犽知道20分的双倍区是头），奇犽便可以利用念能力转换成电气，用念把“抓住”的指令直接传达到左手，这样一来，奇犽便可在最后一投的瞬间捉住念鱼。他还把最后一投的念鱼的头换成章鱼伊卡鲁的吸盘，以此来欺骗欧罗索兄妹，利用他们把“奇犽战死”的信息传达给蜻蜓，从而摆脱蜻蜓的监视，然后再杀掉欧罗索兄妹。241话中奇犽负伤过重加上失血过多，已经奄奄一息，幸好得到章鱼伊卡鲁的救助，送他到“地下医生”处。暂时摆脱蚂蚁的追杀，养伤成当务之急。与此同时，变色龙终于在刚面前现身了242话中变色龙把自己的能力告诉刚（这大概是发动第三种能力的条件之一），并自称以杀掉王为自己人类时的义父复仇为目标(人类的记忆觉醒),但是敌是友还要等下来的故事揭晓。
与此同时，那可鲁、修特一组也进行埋伏，可惜被狮子的陆军通风报信，于是放走了基度（豹）。诺瓦和莫拉看来也在部署新的行动。
另一方面，“协专”这个新名词出现，目前看来，副会长一直对会长的位置虎视眈眈。今次
有点故意的帮倒忙，派来的猎人故意放走那只蚂蚁，目的是想会长下台。“协专”和“副会长”目前看来是“不安定因素”。
师团长方面有很多都因为不敌猎人（目前只有7个师团长，已抓到319只蚂蚁），于是重新投K王，以效忠王为条件换取新的能力。
总之，故事逐渐进入白热化阶段，好戏在后头！